宋尚节在美国留学时，曾割治痔疮，但因经济困难，出院过早，创口未完全愈合。1940年1月18日，宋尚节扶病回抵上海。在上海戈登路大公医院被诊断为结核性痔漏，其后进行了手术，11月15日他的疮口又再度发炎，痛楚增剧，身体越发衰弱了。他有朋友和医生都劝他到北京协和医院疗治。他答应了，于12月4日留家人在沪，只身赴北平。
宋尚节在北京协和医院诊察后，医生断定是癌和结核。第一次施手术是在1940年12月14日，第二次是翌年 1月28日 ，跟着一直在协和医院住了六个月。他出院的时间是7月7日。出院后，宋尚节搬到北平西郊的香山居住，赁的是一幢洋房。
1943年3月27日，宋尚节在天津受第三次手术，住院三个月后，才回北京。1944年6月，病势转剧，此时家人送他入北京德国医院。6月12日施第四次手术。1943年7月2日，宋尚节从北平德国医院动第四次手术后返香山，病情恶化，痔疮伤口大如拳头，伤口之深盈尺，疼痛得不能翻身。8月16日拂晓，病势转为危笃。8月18日凌晨七时七分逝世。1944年8月22日举行安葬礼拜。
